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枝睾阔盘吸虫凉山州分离株nad4基因部分序列测定与种系发育分析

发布时间: 2022-03-09 08:27:31 浏览:

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1.1    试验材料

1.1.1    供试仪器。电子天平(型号为FA2204N),购自瑞安市安特称重设备有限公司;高速离心机(型号为TDL-60B),购自上海安亭科学仪器厂;梯度基因扩增仪,购自德国Eppe-ndorf公司;水平电泳仪(型号为DYY-6C),购自北京市六一仪器厂;BIO-RAD Gel Doc XR+凝胶成像分析系统(型号为1708195),购自美国伯乐公司。

1.1.2    供试试剂。蛋白酶K购自Merck公司,2×Taq PCR Master Mix、DL2000 DNA Marker、GreenView核酸染料、柱式DNA胶回收试剂盒等均购自天根生化科技(北京)有限公司。

1.2    试验方法

1.2.1   虫体的采集及保存。从四川省凉山彝族自治州自然感染的5只山羊胰管内采集枝睾阔盘吸虫样品,用灭菌生理盐水清洗干净,进行形态学鉴定后,分别编号为LS01~LS05,于-20 ℃条件下保存备用。同一只山羊分离出的枝睾阔盘吸虫为1个分离株。

1.2.2    枝睾阔盘吸虫虫体总DNA提取。从冷冻保存的5个山羊枝睾阔盘吸虫样品中分别随机取出1条,用剪刀剪碎并研磨,加入1 μg/μL SDS裂解液和10 μg/μL蛋白酶K,放入56 ℃水浴锅中消化过夜,然后将消化好的虫体悬液用酚/氯仿法[8]提取虫体总DNA,保存于-20 ℃条件下备用。

1.2.3    枝睾阔盘吸虫nad4基因扩增及序列测定。用Chang等[9]报道的引物进行枝睾阔盘吸虫nad4基因部分序列的扩增。由上海杰李生物技术有限公司合成引物序列,引物序列如下:nad4P1为5′-GTT TTG ATG TTT TTA TGA GT-3′;nad4P2为5′-CTA ATA TGA CGA ACC AGG AA-3′。PCR扩增体系为50 μL:2×Taq PCR Master Mix 25 μL,引物nad4P1、nad4P2(10 pmol/μL)各2 μL,模板DNA 2 μL,ddH2O 19 μL。同时,以ddH2O作空白对照。扩增条件:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性40 s,45 ℃复性40 s,72 ℃延伸1 min,共35个循环;最后72 ℃延伸6 min。反应结束后分别取5 μL PCR扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳,用凝胶成像系统检测目的条带的大小。各PCR扩增产物经柱式DNA胶回收试剂盒进行回收纯化后送上海杰李生物技术有限公司测序。

1.2.4    序列分析及系统进化分析。检索GenBank收录的部分吸虫的nad4基因序列并下载(表1),然后用Clustal X 1.81软件进行序列比对,MEGA 5.0软件分析碱基组成,基于p-distance模型计算遗传距离;用DNAstar 中的MegAlign程序进行序列同源性分析;用DnaSP 4.0软件计算单倍型数(ha-plotypes,H)、核苷酸多样性(Nucleotide diversity,Pi)、单倍型多样性(Haplotypes diversity,Hd)和平均核苷酸差异(average number of nucleotide differences,K)。以猪带绦虫(Taenia soli-um,AB086256)作为系统发育分析的外群,采用p-distance模型,用MEGA 5.0软件构建NJ树,并进行重复1 000次的自举检验(bootstrap test)。

2    结果与分析

2.1    枝睾阔盘吸虫nad4基因部分序列的特征和同源性比较

比对校正剔除多余序列后,本研究测得的5个枝睾阔盘吸虫凉山州分离株的nad4基因部分序列长度均为789 bp(占全长的61.7%),A+T碱基的平均含量为61.4%。5个测序序列均不存在碱基插入/缺失,其中保守位点785个,变异位点4个(简约信息位点、单变异位点各2个)。核苷酸变异位点主要发生在密码子第1位(占50%),第2位和第3位各占25%,且全为转换(3个A-G、1个C-T),无颠换。

5个枝睾阔盘吸虫凉山州分离株测序序列的同源性为99.5%~100.0%,碱基变异率为0~0.5%。5个测序序列与胰阔盘吸虫的同源性为85.8%~85.9%,与矛形双腔吸虫、中华双腔吸虫、華支睾吸虫、大片吸虫、鹿前后盘吸虫的同源性均低于70%。

2.2    遗传多样性分析

5个山羊源枝睾阔盘吸虫的nad4基因部分序列共检测到4个单倍型,遗传距离为0~0.005(平均遗传距离为0.003),与胰阔盘吸虫的遗传距离为0.402~0.406,与矛形双腔吸虫、中华双腔吸虫、华支睾吸虫、大片吸虫、鹿前后盘吸虫的遗传距离均≥0.493。5个测序序列总的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.900和0.002 53,平均核苷酸差异(K)为2.000。

2.3    系统发育分析

基于nad4基因部分序列构建的NJ树(图1)显示,5个山羊源枝睾阔盘吸虫凉山州分离株单独聚为一支,未与胰阔盘吸虫聚在一支上,而胰阔盘吸虫与中华双腔吸虫和矛形双腔吸虫聚类在同一小支上,与形态学分类的结果不一致。

3    结论与讨论

目前,对胰阔盘吸虫和腔阔盘吸虫的研究主要集中在虫体形态结构、发育过程及阔盘吸虫病的感染情况调查、诊断和综合防治等传统寄生虫学方面,分子水平的研究较少。

用于胰阔盘吸虫和腔阔盘吸虫分子分类的靶分子主要有18S rRNA[13-15]、ITS-2[15],虽然已有胰阔盘吸虫线粒体基因组全序列的报道[9],但并未见基于线粒体基因对胰阔盘吸虫、腔阔盘吸虫、枝睾阔盘吸虫等进行分析的报道。

本研究对测序获得的5个山羊源枝睾阔盘吸虫凉山州分离株的nad4基因部分序列进行分析,发现其核苷酸同源性为99.5%~100.0%,平均遗传距离为0.003,构建的进化树显示枝睾阔盘吸虫凉山州样品位于同一分支,与其他吸虫得到了很好地鉴别。

本研究对采集自凉山州山羊源的枝睾阔盘吸虫nad4基因的部分序列进行扩增和序列分析,结果表明,枝睾阔盘吸虫的nad4基因部分序列种内相对保守,种间差异加大,说明nad4序列片段可作为枝睾阔盘吸虫种间鉴定及种内遗传变异研究的标记。研究结果为进一步研究枝睾阔盘吸虫的分子分类、遗传变异奠定了基础。

4    参考文献

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