材料，也有一定的病毒学知识（我的博士后研究是研究艾滋病毒的），知道国内医学界对它的说法是夸大其词的，我当时曾经根据国外的材料写过几篇澄清文章试图消除对非典的恐慌。”
后来，当手足口病引起公众恐慌，方舟子也曾发表过相关言论，尽他的能力做科普工作。
因为方舟子的科普文中，涉及文学、医学、化学、生物学等多领域的专业知识，有人怀疑方舟子“不懂装懂”或是“有团队操作”，但这些质疑在事实面前显得苍白无力。
且不论方舟子在这些科目上的造诣到底多深，就连新晋“方黑”罗永浩都承认：“方舟子这个人，虽然死脑筋，但应该的确是只有一个人。他坐在电脑前，就能检索出很多论文和资料，然后一个人整理个一天，他干的和科普有关的事情基本还是靠谱的。”
几年前，圣元奶粉被疑致婴儿性早熟。在经历“三聚氰胺毒奶粉”事件后，国内乳产品行业信誉度降至低谷，几乎没有人相信圣元是清白的。在舆论一面倒的情况下，方舟子站出来为圣元喊冤：“虽然国内乳产品质量总体上仍然让人不放心，但是我们要质疑某一个产品，应该有根有据，不能胡乱猜测制造恐慌。我认为说圣元奶粉导致性早熟是没有证据的，所以在一片指责声中，愿意用我掌握的科学知识为它说公道话。我只看事实，不管其他。”
方舟子的处事方式，的确独树一帜。无论是支持还是反对他的人，在这一点上都达成共识。喜欢他的人夸他“较真”“执著”，讨厌他的人骂他是“疯狗”“偏执”。
“我的处事方式与‘和为贵’、中庸、给面子、得过且过、难得糊涂的中国传统文化，的确是格格不入，难怪让某些人不自在。养成这样的处事方式，大概有性格的因素，不过更多的是教育培养的结果，特别是受到的西式学术训练。”方舟子说。
1990年，方舟子从中国科技大学生物系毕业，赴美留学。5年后，他获美国密歇根州立大学生物化学博士学位。后来，方舟子先后在美国罗切斯特大学生物系、索尔克生物研究院做博士后研究，研究分子遗传学。以他的才能，本可以毫不费力地成为一名科学家，但他选择了另一条路——一支笔、一个网站，走上了科普作家的道路。
有人说，方舟子是一名虔诚的宗教信徒，他信仰的宗教叫“科学”。方舟子认为科学是最可靠的认识方法：“科学所不能正确认识到的，没有理由相信通过其他的方法就能正确认识到。科学观点有可能出错，但是知错能改，其改正，也必是通过科学方法。在针对同一个问题时，科学观点成立的可能性，远远高于非科学观点。所以我们应该相信科学。”
为此，他炮轰中医，质疑草药，认为“坐月子”是最具中国特色的传统陋习，“在关系我们的身心健康的医学问题上，更应该相信科学。科学是我们通往健康彼岸的航船。尽管由于个体的差异、人体的复杂性和意外因素，登上科学之舟的人，并不能保证就一定个个都能够抵达健康的彼岸，但是在统计上，它仍然是我们获得健康的最可靠的途径。”
他的科普，在国内显得很另类。面对铺天盖地的批评声，方舟子安之若素：“我的医学科普中，有许多内容是国内读者闻所未闻，以致怀疑我是标新立异、不懂装懂。其实我不过是在介绍国际医学界的主流观点，而这些观点，由于种种原因并没有被国内医学界引进来，或虽然引进了，却没有做科普让公众了解到，以致人们从我这里听说了还觉得新奇。”
鲁迅“铁粉”
1988年的某一天，21岁的方舟子在云霄的房里醒来，看着阳光一点点洒满屋子，提笔写下了《墙上的阳光》：“我知道阳光聚集在我的背上。总有一天我将被它点燃，也许连这堵墙，这座小屋，一起燃烧，漫飞的灰烬将在淡淡的阳光中拼成未来的现实图像。”
当他还是个傍海而居、诗心初萌的闽南少年时，他就给自己起了“方舟子”这个笔名，意指驾驶两条船的人，一条是科学，一条是文学。
“我从小就对生物很感兴趣，我是生物兴趣小组组长，采集了很多标本，植物、蝴蝶标本，其他人读生物是因为生物热门，我是唯一对生物特别感兴趣的。但到了中科大后，发现生物系的课程根本不做标本，对我没有太大的吸引力。”方舟子说，“我上学时花在专业上的时间不是很多，整天都在搞社会活动，比如荒原诗社。”在中科大读书期间，方舟子办起了荒原诗歌社，并担任社长。
“我当时写诗，也写散文，文笔有时也会去模仿，比如模仿鲁迅的文笔，但那种生活的经验、人生的阅历是模仿不来的。”
2007年，《中国青年》举办“精神家园·名人谈自己的偶像”活动，方舟子写了《我的“偶像”是鲁迅》一文。他在文中写道：“我在文章中从不掩饰我对鲁迅的推崇，某些作风、经历也很容易让人联想到鲁迅，例如疾恶如仇的性格、不留情面的文风、组织鲁迅著作电子化工程、建立第一个鲁迅网页乃至最终由学科学出身变成自由撰稿人。”
“方黑”们常常嘲笑方舟子刻意模仿鲁迅。他们认为方舟子仅在其生物专业领域和熟悉的历史里用心，而且动不动就祭起科学的大旗，不但从未表现出鲁迅式的人文关怀，反而有种“科学主义”的冰冷。
方舟子回应道：“如果说我是在有意学鲁迅，却也不是，无非是因为自小喜读鲁迅文章，以后也不曾远离过。第一次上美国大学图书馆，借回来的是几本鲁迅作品集，到现在身边也少不了一张鲁迅文集的光盘，如此熏陶之下，难免潜移默化受其影响。”
在美国密歇根州立大学留学时，方舟子在互联网上第一个中文论坛ACT上，和网友展开了关于鲁迅和周作人的优劣、胡适和鲁迅的影响力等内容的论战。如今网上针对方舟子的身体特征展开的人身攻击，其实早在那时候就出现了，因为论战到最后，往往会演变为骂战。
一位ACT网友说：“（方舟子）似乎很喜欢把人家‘斗倒’的那种征服感，不管是他真的‘胜利’，或只是别人口头讲不过他，甚至包括人家不想理他，他都一定要在字面上把对方讲到非常不堪、一无是处后才罢休。”这种穷追猛打的做法，正是很多人不喜欢他的原因。
可在姐姐方云秋看来，方舟子这种行事风格，只是因为他对工作、学术、事业比较较真，生活中的方舟子其实很随意。方舟子自己也写了博文《我的较真你不懂》来回击：“中国历来存在的问题，就是把生活态度和工作态度混为一谈。对生活‘难得糊涂’是一种无可厚非的方式，对工作也稀里糊涂那就要出大问题。但是很多国人已习惯了用对待生活的随意态度来对待本该较真的工作，缺乏专业精神，导致种种怪象，也是浮夸、虚假泛滥的一个因素。”
在ACT上活跃了一段时间后，方舟子有了创办刊物的想法。1994年，他和几个网友出版了电子文化性综合刊物《新语丝》，这是最早的中文电子文库之一，刊物的名字来自鲁迅的《语丝》。
在创刊号自序的开头，方舟子中写道：“把生命虚度到现在，玩儿过的花样可不少；但是自从十年前那个骄傲的少年被‘一朵迷路的蒲公英’迷惑，无意中闯进这座古老因而不合时宜的花园，虽几经挣扎，至今还没能走出来，也可说是冥冥中的一种执著吧。”
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